2023年10月にスタートしたインボイス制度は、ネットショップ運営にも少しずつ影響が広がっています。特に、Shopifyでストアを運営している方の中には、

– ‌「インボイス対応の請求書や領収書を、どうやって発行すればよいのか」
– 「どのアプリを使えば、間違いなくインボイス制度に対応できるのか」
– 「2026年以降の電子帳簿保存法なども踏まえて、今なにを準備しておくべきか」

といった不安や疑問をお持ちの方も多いのではないでしょうか。

本記事では、非エンジニアのShopify運営者の方でも理解しやすいように、専門用語をできるだけ避けながら、

– インボイス制度の基本的なポイント
– Shopifyでインボイス対応の領収書・請求書を発行するための考え方 ‍
– 2026年までを見据えたアプリ選定のチェックポイント ⁢

を整理して解説します。 ⁣

「今の設定や運用で問題ないか確認したい」「これからインボイス対応のアプリ導入を検討したい」という方の判断材料になる情報を、順を追ってご紹介していきます。

目次

• インボイス制度の2026年以降のポイント整理とShopify運営への影響

• Shopifyでインボイス対応を始める前に確認したい基本設定と事前準?

• 適格請求書に必要な記載事項とShopifyで押さえるべき実務ポイント

• 領収書発行アプリを導入する際に確認すべき機能要件と選定基準

• 日本語対応や税制対応を含めたアプリ比較の観点とチェックリスト

• 実店舗や他モールとの併用を見据えた運用フロー設計と社内ルール作り

• 導入後のテスト方法とトラブルを避けるための運用上の注意点

• The Way Forward

インボイス制度の2026年以降のポイント整理とShopify運営への影響

2026年以降は、インボイス制度の「経過措置」が段階的に縮小され、仕入税額控除を受けるためにインボイスの要件をより厳密に満たす必要が出てきます。特に、少額取引や免税事業者との取引で「とりあえず控除できる」状態ではなくなるため、Shopify上の受注データと発行する領収書・請求書を常に紐づけて管理する運用が重要になります。ここでネックになりがちなのが、

税率・消費税額・登録番号・適格請求書の記載事項

がアプリやテンプレートごとにバラつくことです。2026年以降を見据えて、いまのうちから「インボイスに必要な情報が、どの画面・どの帳票で、どのように出ているか」を棚卸ししておくと移行がスムーズになります。

また、法人・個人事業主の顧客が多いショップでは、経理担当者からの問い合わせ内容も変わってきます。これまで「領収書PDFがあればOK」だったところから、

取引ごとに適格請求書として要件を満たしているか

が重視され、以下のような質問が増える可能性があります。

• 複数税率の商品を一度に購入したとき、税率ごとの消費税額が分かるか

• 返品・キャンセル時に、インボイスの訂正や返還インボイスを発行できるか

• 顧客側の社名・請求先情報を変更したい場合に、再発行のフローが明確か

こうした問い合わせに備えるには、Shopifyの標準機能だけでなく、利用中のアプリがどこまで対応しているかを整理し、社内の対応ルール（発行タイミング・再発行の可否・訂正方法など）を文書化しておくことが有効です。

観点	2026年以降のポイント	Shopify運営での対応例
インボイス要件	記載漏れがあると控除不可リスク	帳票テンプレートを一度全件チェック
アプリ連携	複数アプリ利用時の情報不一致に注意	領収書発行アプリをできるだけ一本化
顧客対応	経理部門からの要望がより具体的に	FAQやテンプレート返信をあらかじめ用意

Shopifyでインボイス対応を始める前に確認したい基本設定と事前準?

インボイス対応アプリを検討する前に、まずショップ自体の基本情報を整理しておきましょう。特に、

事業者情報

と

税設定

はインボイス制度の根幹に関わります。管理画面の「設定 ＞ ⁢会社情報（ビジネス情報）」では、次の項目が最新であるかを確認してください。

• 正式な事業者名・屋号

  （登記名と齟齬がないか）

• 所在地住所

  （請求書・領収書に記載される住所）

• 電話番号・問い合わせメールアドレス

• 法人番号・登録番号を記載する欄をどこに持たせるか

  （フッターや特商法ページなど）

次に、消費税の扱いがショップ全体で一貫しているかを確認します。特に、税込・税抜表示のポリシーと、海外発送の有無による税計算の違いは、インボイスアプリの挙動にも影響します。以下のような観点で、現在の運用を洗い出しておくとスムーズです。

• 商品価格の表示形式

  ：税込価格で登録しているか、税抜価格で登録しているか

• 送料・手数料への課税有無

  ：どの配送方法・決済手数料に消費税を載せているか

• 海外向け販売

  ：海外向けに非課税・免税設定が必要な商品があるか

確認項目	設定場所	ポイント
事業者名・住所	設定 > ⁢会社情報	登記・請求書と同一表記に統一
消費税の計算方法	設定 >‌ 税と関税	税込/税抜と小数点処理を確認
特定商取引法の表記	オンラインストア‌ > ページ	登録番号や請求書発行ポリシーを明記

適格請求書に必要な記載事項とShopifyで押さえるべき実務ポイント

インボイス制度で求められる記載事項は、Shopifyの標準機能とアプリ機能を組み合わせて網羅的にカバーするイメージを持つと整理しやすくなります。まず押さえるべきは、

適格請求書発行事業者番号

と

取引年月日

、

取引内容

、

税込対価

、そして

税率ごとの消費税額

です。これらは受注情報と強く紐づくため、テーマのテンプレート編集や請求書・領収書アプリのレイアウト設定で、どの項目をどの位置に表示するかを明確に定義しておきます。また、日本語表記での「領収書」「請求書」タイトルや、店舗住所・連絡先を自社の規定に合わせて固定文言化しておくことも、運用トラブルを防ぐポイントです。

• 適格請求書発行事業者登録番号

  （Tから始まる番号）

• 発行者情報

  （名称・住所・電話番号など）

• 宛名

  （個人名・法人名・部署名など）

• 発行日・取引日

  （決済日・出荷日との区別を明示）

• 商品名・数量・単価

  （セット商品や割引も含めた明細）

• 税率ごとの小計と消費税額

  （8％・10％など）

• 合計金額（税込）

  と支払方法（クレジット、銀行振込など）

項目	Shopify上の押さえどころ
登録番号・発行者情報	「ストア詳細」やアプリ設定の固定文言に登録番号を含めておく
宛名	注文時の「会社名」「氏名」から自動反映されるか、編集可否を確認
税率別内訳	税設定で軽減税率を有効化し、領収書レイアウトで税率ごとに表示
明細行の表示	商品名・バリアント名・割引をどこまで表示するかポリシーを決める
発行タイミング	支払い完了時・出荷完了時など、トリガーと自動送信の有無を整理

領収書発行アプリを導入する際に確認すべき機能要件と選定基準

まず押さえておきたいのは、「インボイス制度への確実な対応」と「日々の運用のしやすさ」を同時に満たせるかどうかです。アプリ選定時は、最低限として

適格請求書発行事業者番号（登録番号）の表示

、

消費税率ごとの税額明細

、

注文ごとの発行履歴管理

が行えるかを確認します。また、Shopifyの注文データ（顧客名・住所・法人名・注文番号・支払方法など）を自動で取り込み、入力の手間を最小限にできるかも重要です。特に、BtoB取引や経費計上目的の購入が多いショップでは、請求書・納品書との整合性もチェック対象になります。

• 自動発行・再発行フロー

  （マイページやメールからダウンロード可能か）

• テンプレート編集機能

  （社名ロゴ・社判・注意書き・英語表記など）

• 複数店舗・複数通貨対応

  （越境ECや系列ショップ運営時）

• 会計・経理との連携

  （CSV出力、仕訳用データの出力形式）

• サポート体制

  （日本語サポート、ヘルプドキュメントの充実度）

確認ポイント	見るべき具体例	運用上のメリット
インボイス制度対応	登録番号・税率別表示・適格請求書形式	税務調査時の説明負担を軽減
Shopify連携	注文確定時に自動発行・顧客情報の自動反映	入力ミス防止と発行漏れの防止
カスタマイズ性	レイアウト編集・独自文言・多言語対応	自社ルールや取引先要望に対応しやすい
料金とスケーラビリティ	注文数・店舗数に応じた料金設計	将来の注文増にも無理なく対応

日本語対応や税制対応を含めたアプリ比較の観点とチェックリスト

アプリを比較する際は、まず「日本語で迷わず運用できるか」を軸に考えると判断がしやすくなります。管理画面・通知メール・領収書レイアウトなど、どこまで日本語化されているかに加え、ヘルプドキュメントやサポート窓口が日本語対応しているかも重要です。特に、運用担当者が複数いる場合は、誰が見ても理解しやすい画面表示や用語であることが、ミスや設定漏れの防止につながります。

【2026年対応】Shopifyでのインボイス制度対応と領収書発行アプリの選び方

インボイス制度とは?

インボイス制度とは、消費税の仕入税額控除を適正に行うために必要な、適格請求書を発行する制度です。2026年から本格的に運用が開始されるため、オンラインショップの運営者は特に重要な準備が必要です。

Shopifyでのインボイス制度対応

• 適格請求書の発行が可能なアプリを導入する。
• 顧客管理システムをアップデートし、請求書発行情報を管理する。
• 税率変更に対応した商品管理を行う。

なぜShopifyを選ぶべきか?

Shopifyは、直感的な操作性と豊富なアプリにより、インボイス制度への対応が非常にスムーズです。特に中小企業や個人事業主にとって、コストを抑えつつ機能を拡張できます。

領収書発行アプリの選び方

Shopifyのアプリストアには、さまざまな領収書発行アプリが存在します。以下の点に注意して選ぶことが重要です。

1. 機能性

• インボイス制度に準拠した適格請求書の発行機能があるか。
• カスタマイズ可能な領収書テンプレートが利用可能か。

2. ユーザビリティ

使いやすいインターフェースであることが重要です。初めて使う場合でも直感的に操作できるアプリを選ぶと良いでしょう。

3. 価格

予算に応じたプランを選びましょう。初期費用や月額料金、トランザクション手数料などに注意して比較します。

4. サポート体制

問題が発生した際に迅速に対応してもらえるかを重視します。レビューなどで実際の対応状況を確認することをお勧めします。

おすすめの領収書発行アプリ

アプリ名	主な機能	月額料金	評価
Invoicely	適格請求書発行、カスタマイズ	無料プランあり	★★★★☆
Invoice Ninja	多様なテンプレート、電子送信	月額$10	★★★★★
quickbooks	財務管理、レポート生成	月額$25	★★★★☆

導入事例

以下は、Shopifyでインボイス制度に対応した企業の成功事例です。

ケーススタディ: 株式会社A

株式会社Aは、Shopifyの特定アプリを活用して、インボイス制度に対応しました。導入後、領収書発行の効率が大幅に向上し、顧客からの信頼も得られました。特に問題な対応の早さが評価されています。

ケーススタディ: 小さな雑貨店B

店舗Bは、インボイス制度に対する漠然とした不安がありましたが、分かりやすいアプリを導入したことで、スムーズに対応できています。簡単な設定でカスタマイズできるため、負担が大幅に減りました。

実体験に基づくヒント

実際にShopifyを使う事業者が実践したヒントをいくつかご紹介します。

• 事前にデモ版を試すことで、実際の操作感を確かめることが効果的。
• 専門家に相談し、導入方法やカスタマイズのポイントを学ぶのが良い。
• 定期的にアプリのアップデート情報をチェックし、常に最新の機能を利用する。

インボイス制度に対応するための準備一覧

準備項目	詳細
適格請求書アプリの選定	機能性や価格、サポートを比較検討
顧客データの整理	購入履歴や連絡先を最新に保つ
スタッフへの教育	新しい制度に関する理解を深めるセミナーを実施

• 管理画面の日本語対応状況

  （一部のみ日本語／ほぼ全て日本語など）

• 出力される帳票の日本語表記

  （項目名・注意書き・但し書き）

• サポート体制

  （日本語メール対応の有無、対応時間帯）

• マニュアル・FAQの言語

  （日本語ページの充実度）

次に、インボイス制度や日本の税制への対応度合いを細かく確認します。単に「インボイス対応」と書かれていても、適格請求書発行事業者登録番号の印字、税率ごとの区分表示、軽減税率や海外販売時の消費税非課税処理など、どこまで実務に落とし込めるかはアプリごとに差があります。以下のようなチェックリストを用意しておくと、候補アプリを比較しやすくなります。

• 適格請求書発行事業者登録番号の表示欄

  の有無とレイアウト編集のしやすさ

• 税率別合計金額

  （10％・8％・非課税など）の自動計算と表示

• インボイス必須項目

  （取引年月日、取引内容、税込・税抜表示など）の網羅性

• 海外配送・デジタル商材

  など税区分が変わるケースへの対応可否

• 帳票フォーマット

  （請求書・領収書・納品書）の種類と切り替えのしやすさ

チェック項目	ポイント	判断の目安
日本語UI	日常運用のしやすさ	設定画面がほぼ日本語なら◎
インボイス必須項目	税務要件の充足	必須項目を全て網羅しているか
税率・税区分設定	軽減税率・非課税の扱い	商品ごと・注文ごとに柔軟に設定可能か
カスタマイズ性	自社フォーマットとの整合	項目名・並び順・ロゴの変更が簡単か
サポート	トラブル時の対応速度	日本語サポートと返信スピードを確認

実店舗や他モールとの併用を見据えた運用フロー設計と社内ルール作り

インボイス制度対応では、オンライン単体ではなく、実店舗や他モールを含めた「全体の売上管理」をどうそろえるかが重要です。まずは、どのチャネルで発行されたどの領収書・請求書が、どの取引（注文番号・伝票番号）にひもづくかを一元的に把握できるように設計します。具体的には、Shopifyの注文番号を共通キーとして、POSレジや他モール管理画面にも同じ番号（または参照できる管理番号）を残す運用を決めておくと、後からの検索や税務調査時の確認がスムーズになります。

• 共通の「取引ID」ルールを決める（Shopify注文番号を基準にする ⁢など）

• 領収書発行の可否・方法をチャネルごとに明文化する

• 返品・キャンセル時の再発行ルールを統一する

• インボイス登録番号・適格請求書の記載項目を全チャネルでそろえる

社内ルール作りでは、「誰が・いつ・どの画面から」インボイス対応の領収書を発行するのかを明確にし、属人化を防ぐことが重要です。処理担当が複数いる場合は、発行履歴を追跡できるアプリや仕組みを選び、すべてのチャネルで同じ判断基準を使えるようにマニュアル化します。以下のようなシンプルな運用表を作り、バックオフィス・店舗スタッフ・カスタマーサポートの共通認識として共有しておくと、トラブル防止につながります。

チャネル	発行担当	発行タイミング	保存方法
Shopifyオンライン	バックオフィス	入金確認後	アプリ上でPDF保存
実店舗（POS）	店舗スタッフ	会計時	レシート控えを月次で保管
他モール	カスタマーサポート	顧客依頼ベース	モール注文IDでフォルダ管理

最後に、運用フローは「一度作って終わり」ではなく、毎年の制度変更やモール仕様変更にあわせて見直す前提で設計しておきます。

年に1回の棚卸しミーティング

を設定し、

実店舗・EC・経理

の担当者が集まって、領収書再発行の件数や問い合わせ内容を確認することで、ルールの改善ポイントが見えやすくなります。また、新しいスタッフ向けに簡易版のフローチャートやチェックリストを用意し、入社時研修や引き継ぎで必ず共有することで、どの拠点・どのモールでも同じレベルでインボイス対応が行える体制を整えることができます。

導入後のテスト方法とトラブルを避けるための運用上の注意点

アプリ導入後は、本番運用に入る前にテスト用の注文を複数パターンで作成し、インボイス番号や税率、請求先情報が期待通りに表示されるかを確認します。特に、

通常注文・返品を伴う注文・海外配送（非課税）

など、日常で発生しやすいケースは必ずカバーしておきたいところです。テスト時には、管理画面上の表示だけでなく、

お客様に送信されるメール・PDF・マイページでの表示

をそれぞれ確認し、「どこに何が表示されているか」が一目で分かるかをチェックします。

• テスト用クーポンやテスト配送設定

  を用意し、スタッフが気軽に試せる環境を整える

• インボイス登録番号や事業者名

  はテスト前に最新情報かを再確認する

• モバイル・PCの両方

  でインボイス表示を確認し、レイアウト崩れがないかを見る

• 領収書の再発行フロー

  （再ダウンロード・再送信）が分かりやすいかを実際に操作する

チェック項目	頻度	担当
インボイス登録番号・屋号の確認	四半期ごと	経理担当
アプリのアップデート内容確認	月1回	EC担当
テスト注文での動作確認	仕様変更時	店舗管理者

運用開始後にトラブルを避けるためには、日々の問い合わせ対応フローと権限管理も重要です。スタッフが独自判断で設定を変更してしまうと、気付かないうちにインボイス要件を満たさない領収書が発行されるリスクがあるため、

「誰が・どこまで設定を触ってよいか」を明文化

しておきます。また、領収書に関する問い合わせが発生した場合の対応手順（確認画面、修正可否、返金との関係など）を簡単なマニュアルとしてまとめ、共有ドキュメントや社内ポータルに常設しておくとスムーズです。

• 設定変更前には

  必ずテスト注文を1件発行

  し、画面キャプチャを残す

• 問い合わせで多いケース（

  宛名変更・日付変更・再発行

  など）をテンプレート文面として準備する

• 税理士・会計事務所と定期的に連携

  し、法改正や運用ルールの変更点を確認する

• 繁忙期前（セール前・決算期前）には、簡単な

  社内勉強会

  を実施し、注意点を再共有する

The Way‍ Forward

本記事では、インボイス制度の基本から、Shopifyでの対応方法、そして領収書発行アプリを選ぶ際のポイントまで整理してお伝えしました。

2026年に向けては、 ​
– 自社が課税事業者になるかどうか ⁤
– インボイスに必要な項目を正しく満たしているか
– ​既存のアプリや運用ルールが制度に沿っているか ⁣

といった点を一つずつ確認していくことが重要です。

また、領収書発行アプリは「とりあえず導入する」のではなく、
日々の運営フローや社内の会計処理との相性、サポート体制なども含めて比較検討することで、運営負担を抑えながら制度対応を進めることができます。

インボイス制度は一度対応して終わりではなく、法令や実務の解釈が変わる可能性もあります。定期的に国税庁や公的機関の情報を確認しつつ、必要に応じてアプリ設定や運用ルールを見直していくことが、Shopifyストアを安定して運営していくうえでの鍵となります。

本記事が、インボイス制度対応と領収書発行アプリ選びを進める際の整理材料としてお役に立てば幸いです。