在庫管理ソフトウェアベスト10（2026年版）

在庫管理は、日々の店舗運営やネットショップ運営を支える土台となる業務です。特にShopifyを利用している事業者にとって、在庫数の把握や入出庫の管理、売れ筋商品の補充タイミングを見極めることは、販売機会の損失を防ぎ、過剰在庫を抑えるうえで欠かせません。しかし、スプレッドシートや手作業での管理には限界があり、店舗数や取扱商品が増えるほど、ヒューマンエラーや作業負荷の増大といった課題が表面化してきます。

こうした課題を解消するために、多くの事業者が導入を検討しているのが「在庫管理ソフトウェア」です。在庫管理ソフトウェアは、複数チャネルでの在庫数の自動同期や、入出庫履歴の記録、発注点の管理などを通じて、日々の在庫業務を効率化し、より正確な在庫コントロールを可能にします。一方で、機能や料金形態、対応している業種・規模はサービスによって大きく異なり、「どれを選べばよいのか分からない」という声も少なくありません。

本記事では、2026年時点で利用が検討しやすい在庫管理ソフトウェアの中から、Shopify運営者にとって実務で役立ちやすいものを中心に10サービスを厳選し、それぞれの特徴や向いている事業規模、確認しておきたいポイントを整理してご紹介します。専門的なIT知識がなくても比較・検討しやすいよう、できるだけ分かりやすい言葉で解説しますので、自社の運営体制や今後の成長を見据えた在庫管理の見直しにお役立てください。

目次

• 在庫管理ソフトウェアを選ぶ前に押さえたい基本ポイント
• Shopifyとの連携で確認しておきたい在庫同期と受注処理の流れ
• 中小規模ストア向け在庫管理ソフトウェアの特徴と選び方
• 複数倉庫や実店舗を運営するショップに適した在庫管理ソフトウェアの比較
• バーコード管理と棚卸しを効率化する機能の活用方法と注意点
• 在庫予測と自動発注機能がもたらすメリットと導入時のチェック項目
• コストと運用負担を抑える料金プランと導入パターンの考え方
• 2026年版の選定まとめとショップ規模別の具体的なおすすめ構成
• まとめ｜最後に｜要点まとめ｜まとめとして｜ポイントのおさらい｜今後の展望｜おわりに｜結論｜最後のひとこと｜振り返ってみると｜これからの方向性｜まとめ｜総括｜考察とまとめ

在庫管理ソフトウェアを選ぶ前に押さえたい基本ポイント

まず押さえておきたいのは、「どのくらいの粒度で在庫を把握したいか」です。SKU数、バリエーション（色・サイズ）、セット商品やギフトボックスの有無によって、必要な機能は大きく変わります。たとえば、アパレルのようにカラー・サイズ展開が多い場合は、バリエーション単位での在庫管理がしやすい画面設計かどうかが重要です。また、他モール（楽天、Amazon）や実店舗と在庫を連携する予定があるなら、Shopifyとの同期だけでなく、外部チャネルとの連携実績も確認しておくと、後からの乗り換えリスクを減らせます。

• 自社のSKU構成（単品中心か、セット・定期が多いか）
• 販売チャネル（オンラインのみか、実店舗・モール併用か）
• 担当者のITリテラシー（誰がどこまで操作できるか）
• 運用フロー（入荷→検品→棚入れ→出荷 ‍のどこをシステム化したいか）

次に重要なのは、コストと拡張性のバランスです。月額料金だけを見て選ぶと、事業が伸びたタイミングで機能不足になり、結果として乗り換えコストが高くつくことがあります。中長期でみて「この規模になったらプランを上げる」「実店舗を増やしたらWMSと連携する」といった成長イメージを持ち、あらかじめそれに対応できるかを確認しておきましょう。具体的には、

• プランごとの上限（注文件数、SKU数、ユーザー数）
• Shopifyアプリとの連携範囲（POS、予約販売、定期購買など）
• サポート体制（日本語対応、問い合わせチャネル、応答速度）

を事前に比較し、「今」と「1～2年後」の両方を想定して、無理なく使い続けられるかどうかを基準に選ぶと運用が安定します。

Shopifyとの連携で確認しておきたい在庫同期と受注処理の流れ

Shopifyと在庫管理ソフトをつなぐ際にまず押さえたいのは、「どちらを在庫の基準にするか」を明確にすることです。多くの場合、在庫管理ソフトを在庫のマスタとし、Shopify側は販売チャネルとして在庫数を受け取る形にします。設定画面では、どの倉庫（ロケーション）を同期対象にするか、どのタイミングで同期するか（リアルタイム／一定間隔）を確認しましょう。典型的な同期の考え方として、以下のようなルールをチーム内で共有しておくと、日々の運用で迷いが減ります。

• 在庫数の手修正は、原則在庫管理ソフト側のみで行う
• Shopify上の在庫表示は「結果」であり、直接編集しない
• 棚卸しや返品調整は、必ず在庫管理ソフトから登録する
• 緊急時のみ、Shopifyでの一時的な在庫調整ルールを決めておく

受注処理では、「注文が入ってから出荷完了までのどの段階をどのツールで扱うか」を具体的に決めておくことが重要です。多くの構成では、Shopifyで受注が発生すると、その情報が自動で在庫管理ソフトに連携され、そこでピッキング・梱包・出荷指示が行われます。運用イメージとしては、

• 注文発生時に在庫を仮押さえするか、出荷確定時に減算するかをあらかじめ設定
• 同梱・分割出荷・予約販売などの特殊パターンをどう扱うかを事前に整理
• 出荷完了情報と追跡番号を、在庫管理ソフトからShopifyへ自動で戻すフローを確認

最後に、日々の運用で混乱しがちなのが、「どの画面を見れば最新の状態がわかるか」という点です。チーム内で参照する画面の役割分担を明確にしておくと、問い合わせやトラブル対応がスムーズになります。

• 「お客様対応はShopify」「数字の整合性は在庫管理ソフト」という役割を徹底する
• 二重管理を避けるため、編集するツールと参照するだけのツールを区別する
• 運用ルールを簡単な手順書として社内共有し、更新履歴を残す

中小規模ストア向け在庫管理ソフトウェアの特徴と選び方

日々の受注や入荷処理がオーナーや少人数スタッフに集中しがちな小規模ストアでは、「難しい設定がいらないこと」と「shopifyとの連携がスムーズであること」が特に重要です。具体的には、ブラウザ上で完結する操作画面、SKU数が増えても検索しやすいシンプルなUI、そしてバーコードスキャンやロケーション別在庫の対応があると、日常業務を大きく変えずに導入できます。また、スマホやタブレットからも在庫数を修正できると、倉庫や店舗の棚の前で確認しながら更新できるので、戻ってPCで入力し直す二度手間も防げます。

導入を検討する際は、まず自分たちの運営パターンと合うかを整理します。たとえば、

• オンラインのみか、ポップアップや実店舗など複数チャネル販売があるか
• 1日あたりの注文数・入荷数の目安と、どこが一番忙しくなる時間帯か
• 在庫を置いている場所が自宅・小規模オフィス・委託倉庫のどれか
• スタッフがPC中心か、スマホ・タブレット中心か

といった前提条件を明確にすることで、「高機能だけれど使いきれない」ツールを避けられます。必要最低限から始めて、店舗の成長とともに機能を段階的に増やせるタイプを選ぶと、長期的にも運用しやすくなります。

複数倉庫や実店舗を運営するショップに適した在庫管理ソフトウェアの比較

複数の倉庫や自社店舗を運営していると、「どの在庫をどこから引き当てるか」「店舗とオンラインの残数が合わない」といった課題が増えていきます。ここで重要になるのは、拠点ごとに在庫を分けて管理しつつ、Shopify 上では一元的に把握できることです。実務的には、次のような機能があると、現場オペレーションがかなり整理されます。

• ロケーション別在庫管理：倉庫・店舗ごとに在庫数を保持し、Shopify ​のロケーションと自動連携できる
• 引き当てルールの設定：注文ごとに「優先する倉庫」や「店舗受取用の在庫枠」を指定できる
• ピッキング指示書の自動出力：拠点ごとにピッキングリストや出荷指示を自動で振り分けられる
• 店舗間振替の管理：売れ筋商品の店舗間移動を、伝票ベースで記録・在庫反映できる

以下は、複数拠点を運営するショップ向けに使いやすいソフトウェアの比較イメージです。どれも Shopify 連携を前提にしていますが、それぞれ得意分野が分かれます。

選定のポイントとしては、「現状の拠点構成」と「今後の拡張計画」にどこまでフィットするかを基準にすると、判断しやすくなります。例えば、今は自社倉庫と1店舗だけでも、将来的にポップアップや委託販売が増える想定であれば、あらかじめロケーション数の上限や、店舗間振替・棚卸し機能を確認しておくと、入れ替えの手間を避けられます。また、現場スタッフが日常的に使う画面のわかりやすさも非常に重要です。操作を覚えやすいツールを選ぶことで、在庫数の更新漏れが減り、Shopify 上の残数と実在庫がずれにくくなります。

バーコード管理と棚卸しを効率化する機能の活用方法と注意点

Shopifyでの在庫管理をバーコード中心に組み立てると、入出庫と棚卸しの精度が一気に安定します。まず押さえたいのは、すべてのSKUに対して「バーコード＝1つの識別子」を必ず紐づけることです。既にメーカーJANがある場合はそれを活用し、自社管理用が必要な場合は在庫管理ソフト側で自動採番したコードをラベルとして発行します。印刷時は、ラベルサイズの統一と貼り付け位置のルール化（例：箱の右下／棚札の右端）を必ず決めておくと、店舗スタッフの読み取りミスが減ります。

• 商品ラベル：SKU・バーコード・サイズ／カラー・簡易商品名を記載
• 棚ラベル：ロケーションコード（例：A-02-03）とバーコードを併記
• ピッキング用リスト：バーコード付きピッキングリスト or ⁢モバイル端末画面で運用

実務での効率化のポイントは、「いつ・どこで・何をスキャンするか」をパターン化することです。入庫時は納品書 → 商品バーコード → 棚ラベルの順でスキャンし、出荷時はピッキングリスト → 商品バーコード →‌ 梱包確認の流れを固定します。棚卸しは、モバイル端末やハンディターミナルを使って棚ラベル→商品バーコード→数量入力の順で進めると、棚ごとの差異がすぐに確認できます。以下のようなシンプルな運用テーブルを作ってスタッフ教育資料に入れておくと、現場で迷いが減ります。

注意したいのは、バーコード運用を始めると、「読み取れなかった商品」＝「在庫トラブル候補」が一気に可視化される点です。印字かすれやラベル剥がれを放置すると、棚卸しのたびに手入力が増え、バーコード化のメリットが薄れます。また、スタッフが独自ルールでラベルを貼り替えたり、shopify側の商品情報を手作業で書き換えたりすると、システムと現物の紐づきが崩れます。運用ルールとして、バーコードとSKUの変更権限を限定する、定期的にテストスキャンを行う、読めないバーコードはその場で貼り替えるといった最低限のガイドラインをマニュアル化しておくと、長期的にも安定した棚卸し運用が続けやすくなります。

在庫予測と自動発注機能がもたらすメリットと導入時のチェック項目

需要の変動を見ながら自動で発注点を判断してくれる仕組みがあると、在庫切れと過剰在庫のリスクを同時に抑えやすくなります。とくにShopifyでは複数チャネル（自社サイト・モール・実店舗）で販売していると、手作業での在庫確認と発注判断が追いつかなくなりがちです。予測と自動発注を活用することで、担当者は「どの商品を何個発注するか」を毎回計算するのではなく、数値の妥当性を確認して微調整する役割に集中できます。これにより、シンプルに次のような効果が期待できます。

• 欠品による販売機会損失の減少（人気商品ほど在庫切れを防ぎやすい）
• 在庫の持ちすぎ防止（回転の遅い商品の仕入れ数を自動で抑える）
• 担当者の判断ミス・属人化の軽減
• 実務時間の削減（Excelでの集計・計算作業が不要になる部分が増える）

一方で、導入前に確認しておきたいポイントを整理しておかないと、「自動発注に切り替えたのに、現場はあまり楽になっていない」という状態になりがちです。とくにShopify運営者としては、次のような項目を事前にチェックしておくことをおすすめします。

• リードタイム設定：仕入先ごとに納期（日数）を個別に設定できるか
• 最小発注数量・ロット：ケース単位など、現実の仕入単位を反映できるか
• 季節要因への対応：繁忙期・閑散期の需要変動をどこまで考慮できるか
• Shopifyとの連携範囲：バリエーション別・ロケーション別の在庫まで同期できるか
• 例外処理：新商品・終売商品・キャンペーン時の数量を手動で上書きしやすいか

コストと運用負担を抑える料金プランと導入パターンの考え方

Shopify向け在庫管理ソフトを選ぶ際は、月額費用の安さだけでなく、どこまでの作業を自動化できるかを軸に考えると、結果的にコストと運用負担の両方を抑えやすくなります。たとえば、複数倉庫や実店舗を持たない事業者であれば、在庫同期と発注アラートに機能を絞ったライトプランで十分なケースが多く、逆にオフライン在庫や委託在庫を扱う場合は、ある程度高度なロジックが必要になります。重要なのは、「今の業務フローをそのまま再現する」のではなく、「どの作業をやめられるか」という視点で、必要な機能レベルを見極めることです。

料金プランを比較する際は、できるだけ「月額費用＋取引量に応じた変動コスト」でトータルを試算しておくと判断しやすくなります。特にShopifyストアの場合、注文数やSKU数、チャネル数によって料金が跳ねやすいため、自社の1年後の規模もざっくり想定しておくと安心です。たとえば、次のような観点でシミュレーションしておくと、無理のない導入パターンを組み立てられます。

• 月間注文数・SKU数が増えたときの追加料金
• 発注点管理や棚卸しなど、どの作業をツール側に委ねるか
• サポート（日本語対応、チャット／メール）の範囲とレスポンス
• 初期セットアップやデータ移行にかかる時間と費用

現場の負担を抑えるためには、いきなり全機能を使いこなそうとしないことも大切です。まずは「在庫反映の遅れをなくす」「欠品と二重販売を減らす」など、1〜2個の課題だけに絞って導入し、オペレーションが安定してから他機能を広げていくと、スタッフ教育コストやトラブル対応の手間を抑えられます。また、トライアル期間中に実際の受注データと在庫データを流し込み、日々のルーチンでどこまで時短できるかを確認しておくと、契約後のギャップも少なくなります。

2026年版の選定まとめとショップ規模別の具体的なおすすめ構成

2026年時点で在庫管理ソフトを選ぶ際は、「高機能＝正解」ではなく、自社のオペレーションとの相性が最重要です。とくにShopify運営では、在庫数の正確さよりも「どの業務をどこまで自動化したいか」を明確にしておくと、ツール選定がスムーズになります。たとえば、SKU数が少ないショップでは、複雑なロジックや高度なレポート機能よりも、日々の入出庫をミスなく素早く更新できるシンプルなUIが効果的です。一方、SKU数が多く複数倉庫を運用している場合、多少UIに慣れが必要でも、在庫配分ルールや自動発注ロジックを持つツールのほうが、結果的に工数削減につながります。

ショップ規模ごとのざっくりした考え方は、以下の通りです。

• 小規模（SKU〜200／単一拠点）：Shopify標準機能をベースに、シンプルな在庫アプリを1つ追加する構成が現実的です。棚卸しや入荷処理はExcel併用でも問題ありませんが、「どの画面から在庫を直すか」をチームで統一しておくことが重要です。
• 中規模（SKU200〜3,000／1〜2拠点）：在庫アプリ＋受注管理アプリの2本立てを基本にし、ピッキングリストの発行や入荷予定の見える化までを1つのワークフローにまとめる構成が扱いやすくなります。
• 大規模（SKU3,000〜／複数拠点・外部倉庫）：WMS（倉庫管理システム）や外部3PLとの連携が前提になります。Shopify側では「どの在庫を出荷可能と見なすか」のルール設計が肝心で、在庫管理ソフトはそのルールを安定して実行する”ハブ”として設置するイメージです。

まとめ｜最後に｜要点まとめ｜まとめとして｜ポイントのおさらい｜今後の展望｜おわりに｜結論｜最後のひとこと｜振り返ってみると｜これからの方向性｜まとめ｜総括｜考察とまとめ

本記事では、2026年時点で利用しやすい在庫管理ソフトウェアを10個ご紹介しました。それぞれに得意分野や向いている事業規模があり、「どれがいちばん優れているか」というよりも、「自社の運営スタイルに合っているか」が選定のポイントになります。

導入を検討する際は、次の点を基準に整理してみてください。

– ​既存のShopifyストアや販売チャネルとの連携方法
– 毎日の業務フロー（受注処理・入荷処理・棚卸しなど）との相性 ⁣
– スタッフが日常的に使いこなせる画面のわかりやすさ
– 将来の販売チャネル拡大やSKU増加に対応できるかどうか
– サポート体制と、運用中のトラブル時に相談しやすい環境か

まずは無料トライアルやデモを活用し、実際の受注・入荷・在庫調整の流れをシミュレーションしてみると、運営へのフィット感を判断しやすくなります。在庫管理は一度仕組みを整えると長く使い続ける領域ですので、目先の機能の多さだけでなく、日々の運用負担が軽くなるかどうかも含めて検討するとよいでしょう。

自社の規模と方針に合ったツールを選び、在庫の「見える化」と作業の標準化を進めることで、欠品や過剰在庫のリスクを抑えつつ、日常業務の安定につなげていけます。