Shopifyペイメントの手数料は高い？他社決済代行会社と比較してみた

「Shopifyペイメントは手数料が高いのだろうか？」
Shopifyでネットショップを運営していると、そんな疑問を一度は持つのではないでしょうか。

クレジットカード決済やコンビニ払いなどの導入は、今やECサイト運営にとって欠かせない要素です。その一方で、「決済手数料」は利益を大きく左右するコストのひとつでもあります。しかし、各社の料金体系は細かく分かれており、「どれが本当にお得なのか」が分かりにくいのが実情です。

本記事では、Shopify標準の決済サービスである「Shopifyペイメント」と、国内でよく利用されている他社決済代行サービスの手数料や特徴を比較し、
– 実際にどのくらいコストがかかるのか
– ​売上規模や運営スタイルによって、どの選択肢が向いているのか

といった点を整理して解説します。専門用語はできるだけかみ砕き、日々の運営に忙しいショップ担当者の方でも読み進めやすい内容を心がけています。手数料を見直したい方や、これから決済方法を選ぼうとしている方の判断材料として、参考にしていただければ幸いです。

目次

• Shopifyペイメントの基本手数料と仕組みをわかりやすく整理
• クレジットカード決済の手数料を他社決済代行サービスと比較
• 振込手数料やチャージバックなど見落としがちなコストの確認ポイント
• 海外販売や多通貨決済でのコスト構造と注意すべき点
• ショップの売上規模別にみる最適な決済手段の選び方
• 導入や運用のしやすさから見るShopifyペイメントと他社サービスの比較
• 実店舗との併用やサブスク販売における決済方法のおすすめ構成案
• The Conclusion

Shopifyペイメントの基本手数料と仕組みをわかりやすく整理

まず押さえておきたいのは、Shopifyペイメントの手数料は「月額料金」とは別に発生する決済ごとのコストだという点です。国内クレジットカードの場合は、一般的に「売上金額⁣ × 決済手数料率（％）」が基本で、振込手数料は原則無料、さらに返金やチャージバック時の扱いもあらかじめルールが決まっています。Shopifyの料金プランによってパーセンテージが変動するため、実務上は「よく売れるプランほど手数料率が下がる」というイメージで把握しておくと管理しやすくなります。

• 決済のたびに発生：1注文ごとに決済手数料がかかる
• プランで料率が変動：Basic／Standard／Advanced などで異なる
• 追加のゲートウェイ費用なし：他社決済代行と違い「ゲートウェイ利用料」が別途不要
• 振込手数料は原則不要：売上は一定サイクルで自動振込（銀行側の受取手数料は別）

クレジットカード決済の手数料を他社決済代行サービスと比較

まず押さえておきたいのは、国内でよく使われる決済代行サービスと比べたときの手数料水準です。一般的なクレジットカード決済（Visa / Mastercard）のオンライン決済では、3.0〜3.6％前後がよくあるレンジで、Shopifyペイメントもほぼこの範囲に収まります。一方で、コンビニ払い・Pay-easy・後払いなどを別サービスで追加すると、月額固定費＋オプション手数料が積み上がることが多く、トータルコストで見ると「名目の料率」だけでは比較できないのが実情です。

比較の際は、料率だけでなく、店舗運営にかかる見えないコストも含めて検討することが重要です。たとえば、他社決済代行を導入すると、以下のような追加負担が発生するケースがあります。

• 管理画面が複数に分かれる（売上確認・返金処理・チャージバック対応など）
• 入金サイクルがバラバラになり、資金繰りの把握が難しくなる
• 不正利用対策や3Dセキュア設定を個別に調整する必要がある

これらの運用コストは数字に出にくいものの、日々の作業時間やミス発生リスクに直結します。

一方で、ECの商材や売上規模によっては、他社決済代行のほうがトータルで有利になる場合もあります。たとえば、以下のようなケースです。

• 高額商品が中心で、1件あたりの決済金額が大きい（料率交渉がしやすい）
• BtoB取引が多く、請求書払い・銀行振込など特定の決済手段を強化したい
• 年間売上が大きく、決済代行会社と個別レート交渉が可能

このように、どのサービスが「安い」とは一概に言えず、手数料率・固定費・運用負荷・必要な決済手段をセットで見比べることが、現実的な比較のポイントになります。

振込手数料やチャージバックなど見落としがちなコストの確認ポイント

決済手数料だけを見てサービスを比較すると、実際の利益率を見誤りがちです。特に意識したいのが、売上の入金時に差し引かれる振込手数料と、返金・チャージバック発生時のコストです。たとえば、振込サイクルが短くても「振込1回ごと」の固定手数料が高いと、月の入金回数が多いショップほど負担が積み上がります。逆に、振込手数料が無料でも入金頻度が少なくキャッシュフローが悪化すると、仕入れや広告運用に影響するケースもあります。

• 振込手数料の有無・金額（1回あたり／月額固定か）
• 最低振込金額（下回った場合の翌月繰越有無）
• 返金時の手数料扱い（返金でも決済手数料は返ってこないのか）
• チャージバック関連費用（調査費・事務手数料の有無）
• 通貨変換手数料（越境ECの場合の為替コスト）

チャージバックは、クレジットカードの不正利用や購入者からの異議申し立てで発生し、売上の取り消しに加え、調査コストや追加手数料が発生することがあります。これらは請求が発生した時点ではなく、後からまとめて控除されることも多いため、月次の入金額が「想定より少ない」原因になりがちです。日々の受注管理と合わせて、決済サービスの管理画面と入金明細を突き合わせる運用を行い、少額の手数料やチャージバックがどれくらい利益を圧迫しているかを、定期的に確認するようにすると実態が見えやすくなります。

海外販売や多通貨決済でのコスト構造と注意すべき点

海外向けの販売では、単純な「決済手数料」だけでなく、為替レートや通貨換算手数料、海外カードブランド特有の追加コストなど、複数のレイヤーでコストが発生します。たとえば、Shopifyペイメントの場合は表示されている決済手数料に加え、通貨換算時の為替レート上乗せと、場合によってはクロスボーダー手数料が関わってきます。他社の決済代行会社でも同様に、「海外発行カード」「現地通貨建て」「日本円への着金」といった条件の組み合わせで、最終的な実効コストが変化します。そのため、国内向けの料率だけで比較すると、後から「思ったより利益が残らない」という状況になりがちです。

多通貨決済を検討する際に注意したいのは、「どの通貨で表示し、どの通貨で決済し、どの通貨で着金するか」を整理しておくことです。通貨の組み合わせを誤ると、想定外の為替差損や海外銀行手数料が積み上がります。運用面では、以下のような点を事前にチェックしておくと、コストのブレを抑えやすくなります。

• 主要な販売国の通貨をどこまで有効化するか（すべてを多通貨対応にしない選択も検討）
• 送料・関税・手数料を含めた「実質単価」が現地顧客にとって妥当か
• セール時や円高・円安局面で、どのタイミングで価格を見直すかのルール
• 決済エラー時のサポートフロー（海外カード拒否・3Dセキュア・チャージバック等）

ショップの売上規模別にみる最適な決済手段の選び方

まず、小規模〜立ち上げ期のショップでは、「固定費をどれだけ抑えられるか」が重要になります。月商50万円前後までは、月額費用がかからないか、もしくは極力低い決済手段を優先しつつ、Shopifyペイメントのような標準機能を軸にするのが運用しやすい構成です。この段階では、多少の手数料差よりも、導入のしやすさ・トラブル時の問い合わせ窓口のシンプルさを重視した方が、オペレーションコストを抑えられます。

• 小規模（〜月商50万円）：初期費用ゼロ／月額無料の決済を中心に構成
• 中規模（月商50〜300万円）：決済手段を2〜3種類に拡張し、手数料と利便性のバランスを最適化
• 大規模（月商300万円〜）：交渉余地のある決済代行会社も視野に入れ、総コストを最小化

中規模以上になると、単純な「1件あたりの手数料」だけでなく、入金サイクル・チャージバック規約・サポート品質も含めて比較する必要があります。たとえば、決済代行会社によっては、月商や取扱高に応じて手数料の個別見積りが可能なケースもあり、Shopifyペイメントと組み合わせることで、クレジットカード決済はShopifyペイメント、コンビニ・銀行振込・請求書払いは外部決済代行、といった役割分担も検討できます。売上規模が大きくなるほど、「1つの決済に集中させるか」「複数サービスを組み合わせてリスクとコストを分散するか」を、数字をもとに定期的に見直すことが重要です。

導入や運用のしやすさから見るShopifyペイメントと他社サービスの比較

日々ストアを運営していると、「新しい決済を入れたいけれど、設定や審査でつまずきたくない」という場面が多いはずです。ShopifyペイメントはShopify管理画面だけで完結するため、アカウント作成やAPIキーの発行・接続といった作業が不要です。一方、外部の決済代行会社を利用する場合、別途管理画面を持ち、契約手続き・審査・接続設定がそれぞれ発生します。その過程で、以下のような細かなタスクが増えることがよくあります。

• 審査書類（登記簿謄本、本人確認書類、サイト情報など）の準備と提出
• テスト用環境（サンドボックス）の発行とテスト決済の実施
• Webhookや通知URLなど、技術的な設定項目の確認

運用面でも、Shopifyペイメントは注文管理・返金・チャージバック対応をすべてShopify管理画面から行えるため、毎日のオペレーションがシンプルになります。外部決済を併用する場合、返金や不正利用の調査は決済会社の管理画面で行い、受注情報との突き合わせを別途行う必要があり、オペレーションが二重化しがちです。特に、担当者が限られている小規模〜中規模ストアでは、

• 返金処理の一元化（どの画面で操作すればよいか迷わない）
• 売上・入金の確認先が少ない（管理画面のタブを行き来しない）
• マニュアルや引き継ぎ資料が簡潔（新人教育の時間を削減できる）

といった点が、手数料差以上に効いてきます。また、ShopifyペイメントはShopifyのアップデートと連動して機能改善されるため、追加のアプリや拡張機能を意識しなくても、新しい支払い方法や通貨対応が行われるケースが多くあります。外部の決済代行を組み合わせる場合は、

• Shopify側の仕様変更と決済会社側の仕様変更の両方をチェックする
• アプリ連携やテーマへの埋め込みコードのメンテナンスが発生する可能性がある
• 障害発生時に、Shopifyと決済会社のどちらに原因があるか切り分ける必要がある

といった追加の運用コストを考慮しておくと、数字上の手数料だけでは見えない「運用のしやすさ」の差を判断しやすくなります。

実店舗との併用やサブスク販売における決済方法のおすすめ構成案

実店舗とオンラインストアを並行運営する場合は、「決済手段を増やしすぎないこと」と「ブランド体験を揃えること」を優先します。基本軸としてはオンラインをShopifyペイメント＋Shop Pay／主要クレジットカード、実店舗をShopify ‌POS＋クレジットカード／交通系ICなどのタッチ決済に統一しておくと、売上データや在庫を一元管理しやすくなります。加えて、実店舗では現金需要も根強いため、POSレジ側での現金対応は残しつつ、オンライン誘導用に「店頭でQRを読み込んでその場でオンライン決済→自宅配送」という導線を用意しておくと、店舗とECをまたいだ購買行動にも対応しやすくなります。

• オンライン：Shopifyペイメント（クレジットカード／Shop Pay／Apple Pay など）
• 実店舗：Shopify POS＋カードリーダー（クレカ・タッチ決済・一部電子マネー）
• 共通設計：会員アカウント・ポイント・クーポンルールをできるだけ統一

サブスク（定期購入）を組み込む場合は、決済方法を「毎月の引き落としが安定する手段」に絞ると、未収や解約対応の手間が減らせます。具体的には、オンラインの定期購入はクレジットカード／Shop Payを標準とし、その他の決済は原則「単品購入専用」として役割分担する構成が扱いやすいです。実店舗での定期契約受付は、「店頭で初回申込 → 以降はオンラインで自動決済」というフローにすると、現場スタッフのオペレーションもシンプルに維持できます。

最終的には「なるべく少ない決済パターンで、主要なお客様層をカバーできているか」を基準に見直すことが重要です。決済手段が増えるほどテスト注文・入金確認・返金処理などのオペレーションが複雑になり、手数料も全体で見えづらくなります。まずは上記のような基本構成でスタートし、利用比率・手数料・トラブル件数を数カ月単位で振り返りながら、必要なものだけを段階的に足す（あるいは削る）運用にすると、実店舗とサブスク販売を無理なく両立させやすくなります。

The‍ Conclusion

本記事では、Shopifyペイメントの手数料を中心に、他社の決済代行サービスとの違いや、それぞれのメリット・デメリットを整理してご紹介しました。

最適な決済方法は、
・売上規模
・主要な顧客層（国内中心か、海外からの注文が多いか）
・平均客単価
・今後の販売チャネルの広がり（実店舗との連携、定期販売など） ​

といった要素によって変わります。単純に「手数料が安いか高いか」だけで判断するのではなく、「自社の運営体制に合っているか」「将来の運営方針を踏まえても無理なく続けられるか」といった観点も含めて検討することが大切です。

もし現在の決済手段に少しでも不安や不満がある場合は、
・実際の月間売上データを使ってシミュレーションしてみる ‍
・複数の決済サービスの料金表を同じ条件で比較する ⁢
・サポート体制や入金サイクルも含めて総コストを確認する

といったステップで、見直しを進めてみてください。

この記事が、自社にとって適切な決済手段を選ぶ際の判断材料としてお役に立てば幸いです。